用超算筛选“好猪”基因
近日,华中农业大学教授赵书红带领团队与华为合作,利用自主开发的育种大数据分析软件HIBLUP(中文名为“天权”)以及位于光谷的武汉超算中心算力,为猪种子选手快速“排队”,传统工具需要消耗数周或数月才能完成的计算量,1小时内就能完成。
赵书红介绍,有的猪抗逆,但长得慢,肥肉多;有的猪生长快、瘦肉率高,这种差异从根本上是由基因组的差异造成。最早,科学家只能通过单个分子标记的检测寻找基因组的差异,效率很低。
后来,猪基因组序列破译,迈入基因组育种时代。赵书红这样介绍团队的工作:“基因组育种就好比是用大数据为优秀‘种子选手’评分排队。”
“排队”的数据量和计算量有多大呢?育种公司的种猪会用基因芯片检测几万个位点,这样的基因芯片,大型育种企业每年会用上几万到十几万张,随着数据的不断积累,几十万甚至上百万个体的基因组数据会用于大规模方程求解,从而评估种猪的育种价值。信息越多、利用得越好,种子选手的排序就越正确。
赵书红表示,只有“算”得快、“算”得准,才能尽快“找”到属于我们自己的优秀种猪,快速提升我国生猪核心种源性能。
她的团队开发的天权,可高效处理百万级群体、千万级分子标记,插上位于光谷的武汉超算中心的算力翅膀,在育种效率竞赛中加速“奔跑”。
近日,在新投用的武汉超算中心算力平台上,华农“天权”育种计算工具进行了计算速度评估测试,结果显示,在基因组育种大数据计算的多个任务上性能指标均优于传统x86算力平台,达到业界领先水平。
后续该工具还将借助武汉超算的算力基建持续联合优化,加速基因组育种计算领域的创新突破。
来源 | 湖北日报、长江日报
编辑 | 张希祉
编审 | 龙大虎
审核 | 肖辉
出品 | 光谷融媒体中心
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